Для изучения образования биогаза и состава микробных сообществ при анаэробной биодеградации целлюлозы и других органических субстратов используются следующие методы:
общей микробиологии – приготовление, подбор и оптимизация сред и условий культивирования микроорганизмов в анаэробных условиях; выращивание, пересевы, поддержание и хранение микробных сообществ;
микроскопии – световая и сканирующая электронная микроскопия;
аналитические - газовой хроматографии и высокоэффективной жидкостной хроматографии;
молекулярно-биологические – выделение ДНК, амплификация генов (ПЦР), денатурирующий градиентный гель-электрофорез (DGGE).